Sebastían Coates chegou ao Nacional (Club Nacional de Football) com apenas 11 anos de idade. O jovem defesa serviu o clube uruguaio desde tenra idade e foi aqui que chegou à equipa principal, em 2009. Foi nesse mesmo ano que Coates apontou um golo frente ao Liverpool, em Abril, clube para onde viria a ser transferido pouco tempo depois.
Na época de 2008/09, a sua época de estreia, Coates alinhou em 16 partidas pelo Nacional e, na época seguinte, foram 44 os jogos disputados pelo central de 25 anos. A apreciação pelo trabalho de Coates era evidente e, na época de 2010/11, Coates, após realizar 32 partidas, foi transferido para o Liverpool, pela quantia de 8 milhões de euros.
O central uruguaio vestiu a camisola do Liverpool desde a época de 2011/12 até 2013/14. Na sua primeira temporada ao serviço da equipa inglesa, Coates alinhou em 12 partidas, tal como viria a acontecer na temporada seguinte. A sua utilização pelo clube inglês parecia não ser habitual e, desta maneira, o uruguaio regressou ao Nacional, por empréstimo, em Janeiro de 2014. Neste periodo, o central apenas alinhou em sete partidas, regressando aos reds em Junho do mesmo ano. Pelo meio, o uruguaio representou a sua selecção na Copa América em 2011; para além da seu país ter conquistado a prova, o central recebeu o prémio de Melhor Jogador Jovem da prova.
Ainda que regressado à Premier League, Coates voltou a ser emprestado, em Setembro de 2014, defendendo as cores do Sunderland, onde disputou 13 partidas. O seu empréstimo chegou ao fim e, ao que parece, o jovem sul-americano acabou por convencer os responsáveis dos Black Cats. Em Julho de 2015, Coates foi transferido para o clube inglês, pela quantia de 2,8 milhões de euros.
Assim sendo, o jovem central iniciou a presente temporada no Sunderland, sendo regularmente utilizado pela equipa inglesa, alinhando em 19 partidas. Ciente das suas boas capacidades defensivas e, também, ofensivas, já que apresenta 1,96m de altura, Jorge Jesus não deixou o central em Inglaterra. A 28 de Janeiro, Coates era já jogador do Sporting e, ao que parece, veio em boa altura, uma vez que o técnico leonino tem-se deparado com problemas com o seus centrais no que toca a lesões, como é o caso de Naldo e Paulo Oliveira, que formariam a dupla titular mais utilizada pelo treinador verde e branco.
Contudo, Coates, desde que chegou a Alvalade, já realizou duas partidas ao serviço dos leões, enquanto titular. Nessas duas partidas, Coates parece estar a ganhar a confiança de Jorge Jesus, não esquecendo que o uruguaio já esteve, também, perto de facturar, já que apresenta fortes características e capacidades no jogo aéreo.
Sebastían Coates representará o Sporting até ao final da época e, terminada a temporada, o Sporting tem a opção de compra do central por 5 milhões de euros.